學院現有5系，即科學技術史與科技管理學系、法律系、社會學系、旅游管理系、文學藝術系。此外，思想政治理論課教研部下設馬克思主義基本原理、近現代史與當代政治兩個教研室，負責全校思想政治理論課的教學工作。學院擁有4個本科專業（社會學、旅游管理、公共事業管理、法學），1個一級學科博士后流動站（科學技術史）、1個一級學科博士學科點（科學技術史）、7個碩士學科點（科學技術史、科學技術哲學、專門史、社會學、經濟法學、馬克思主義基本原理、思想政治教育）及MPA（科技文化事業管理）和農業推廣（農村社會事業管理、農村科技與文化發展）兩個專業碩士培育點，形成了以科學技術史學科為龍頭，文、史、哲、管、法多學科協調發展，博士、碩士和本科多層次辦學的格局。

在科學研究方面，學院設有中華農業文明研究院，下設中國農業遺產研究所、科技與社會發展研究所、生態環境史研究中心、中國農業考古研究中心、農村社會發展研究中心、農村發展研究中心、農業文化與鄉村旅游研究中心、農業與農村法治研究中心、中國農業遺產數字化研發中心等研究機構。建設和管理著“南京農業大學中華農業文明博物館”、“中華農業文明網”、“人文網”、“思政教研網”和“中國鄉村旅游網”。此外，還設有《中國農史》雜志社，出版國家核心期刊《中國農史》，發行世界十多個國家和地區，在國內外具有廣泛的影響。

全院現有教職工近101人。其中教授11人、副教授29人、講師34人；具有博士學位者20人、碩士學位者43人。目前在校生1102人，其中博士生29人、碩士生108人。院圖書分館擁有藏書10萬余冊、期刊400種，此外還配有美術室、琴房、多媒體音樂室等教學設施。

經過多年的辛勤耕耘，人文社會科學學院在人才培養和科學研究方面取得了顯著的成績。“十五”期間，承擔部、省級以上研究項目20多項，其它各級各類科研課題30項，出版專著30部，發表論文400余篇，其中：《中國農業技術史稿》獲農業部科技進步一等獎、國家科技著作三等獎；《〈齊民要術〉校釋》獲首屆國家教委人文社會科學成果二等獎、中國圖書二等獎；《中國大豆栽培史》獲亞太圖書榮譽獎；3種專著被譯成日文在日本出版。

學院一直非常重視學術交流工作，目前是中國科學技術史學會農學史專業委員會、中國農業歷史學會畜牧獸醫史專業委員會和江蘇省農史研究會的掛靠單位。在國際學術交流方面，先后與英、美、法、日、韓、加、荷等國家及港臺地區的農史研究機構和學者建立了長期的學術交流與合作關系，與韓國農史學會聯合組建了“中韓文化交流中心”，與日本相關機構聯合組建了“中日農史比較研究中心”。

人文學院的宗旨是：融會東西、貫通古今、關注社會、人文日新。

學院發展的目標是：實施學科群發展戰略，以科學技術史學科為龍頭，農業技術哲學、專門史、農村社會學、農業文化、經濟法學和鄉村旅游為重點，文、史、哲、管、法多學科協調發展，逐步形成一個有相當規模和水準并具南農特色的人文社會科學體系。