南京農業大學食品科技學院淵源于1921年成立的東南大學農產制造門和1927年創辦的**大學農產制造系、食品工業系，1952年食品工業系與浙江大學農化系、江南大學食品系合并到南京工學院，保留的部分師資并入南京農學院農學系和園藝系。1985年學校在全國農業院校中率先成立了食品科學系，1996年擴系建院，成立了食品科技學院。
　　學院現下設食品科學與工程、生物工程、食品質量與安全3個系，2個院級教學實驗中心（包括8個基礎實驗室和3個食品加工中試工廠），食品科學與工程、生物工程和食品質量與安全3個本科專業，擁有1個博士后流動站（食品科學與工程），1個農業部重點開放實驗室（農畜產品加工與質量控制），2個博士點（食品科學、生物工程），4個碩士點（食品科學、發酵工程、農產品加工及貯藏工程和糧食、油脂及植物蛋白工程），7個校級研究室，。學院有教職工46名，其中教授11人，副教授14人，博士生導師8人，碩士生導師14人，具有博士、碩士學位的教職工占80%以上。目前在校本科生730多人，研究生190余人。學院承擔國家自然科學資金、部省級課題及橫向課題研究80多項，榮獲國家和部省級科技進步獎10多項，獲國家專利5項，有3項成果分別獲國際博覽會金獎、首屆農業博覽會金獎和全國輕工博覽會金獎，在國際學術刊物上發表論文100余篇（其中80篇被SCI、EI等收錄和引用），國內學術刊物上發表論文1000余篇，出版專著11部，教材11部。國家一級學會----中國畜產品加工研究會掛靠學校，設在本院，編輯出版《中國畜產與食品》雜志。學院注重科研成果的開發與轉化，先后在江蘇、福建、安徽、北京、甘肅、江西等地取得了顯著的社會效益和經濟效益。
　　學院注重拓展海內外科技合作關系，曾多次承辦大型學術會議，接待美國、日本、加拿大、荷蘭、澳大利亞等前來講學的教授50多人次，派出國外進修、訪問、攻讀學位的教師40余人次。